有機肥就是豬糞牛糞等動植物的尸體或排泄物或廢棄物，經過腐熟發酵而成的含碳物料，能以提供植物營養為其主要功能，作為有機肥，微生物的重要性以前一直不被農民所重視，由于傳統農業中沒有化肥農藥的參與，土壤中自然存在的微生物菌群數基本都能應付植物種植的需要，采用輪作休耕等方式微生物會得到自然補充。
事實上所謂的寶地，都是特別適合微生物生長環境的土壤。沒有微生物的參與，植物對營養的吸收只有20-30%，然而通過微生物的轉換后，植物吸收率就會達到80-90%.沒有辦法不高產。而且現在國內進來了不少的菌劑菌種本身還帶有抑菌增根生長調節作用，甚至帶有抵御根結線蟲的微生物，作為想從事低成本運作有機種植者，運用微生物菌是必須的。
微生物菌肥是不可或缺的農資產品，使用微生物菌肥能輕松解決很多化學農業惡性循環勞民傷財永遠也做不完的工作，如殺抑菌工作，殺地下蟲害工作，重金屬污染問題，土壤板結，壯根健苗問題等，以及最基本的提高植物吸收率，減少化肥用量達到食品安全度不超標的目的。因為任何微生物菌肥都有搶占有害菌生存空間的功能，對有害菌都能起到抑制效果，緩釋肥效也是微生物菌肥的特點。
無論是從種植時間段上還是從需要的肥料類型上甚至包括蟲害防治等很多方面都是以簡單的輪作來解決各類問題是最簡單直接的生態種植理念，而且植物生長過程中在根部還會釋放出各類或酸或堿的物質甚至是毒素，造成土壤ph值的改變，為有害菌的繁殖創造了生存環境。因此合理的輪作間作是有機種植必須遵循的自然規律。
使用微生物菌肥后，你必須與市場上的各類殺菌劑說再見了，微生物菌肥就是菌，你不會一邊使用菌肥一邊再去找殺菌劑去對付自己投入的菌吧，因為微生物是有生命的，你一旦使用了殺菌劑，你的微生物菌肥就什么效果也沒有了，所以千萬別再考慮使用。同時使用了菌肥就要考慮給菌創造適合的生存環境，和腐熟的有機肥混用是確保微生物生存最簡單方便的方式。
